秒速5センチメートル

小学生の遠野貴樹と篠原明里は、互いに特別な想いを寄せ合っていました。しかし卒業と同時に、明里が引っ越してしまい、二人は離ればなれになります。

中学生になっても文通を続けていた二人でしたが、今度は貴樹も鹿児島へ転校することになります。貴樹は、自分が引っ越してしまう前に大雪の中を会いに行きますが……。

時が流れ、種子島の高校3年生になった貴樹は、クラスメイトの澄田花苗に想いを寄せられながらも、ふと遠くをぼんやりと見つめています。花苗にとって貴樹は、いちばん身近でありながら、遠くから憧れるだけの存在でした。

やがて東京で社会人となった貴樹は、仕事に追われ、街の景色も日に日に色あせていくなか、ほとんど忘れかけていたあの頃の記憶へと思いを巡らせます。